Powołanie z dniem 1.3.2017 r. Krajowej Administracji Skarbowej nie zmieni, w przeważającej mierze, sposobu ustalania, określania i poboru podatku VAT. Tak jak do tej pory, sprawy związane z tym podatkiem pozostają, zasadniczo, we właściwości naczelników urzędów skarbowych. Niemniej jednak, niektóre kompetencje, związane z VAT ustalaniem i poborem VAT w imporcie, dotychczas leżały w gestii naczelników urzędów celnych (organ likwidowany na mocy ustawy o KAS).

Część dotychczasowych kompetencji naczelników urzędów celnych przejmują naczelnicy urzędów celno-skarbowych:

1. Odnośnie podatku z tytułu importu towarów wykazywanego w zgłoszeniu celnym:
2. a) Naczelnicy urzędów celno-skarbowych wydają decyzję określającą podatek w prawidłowej wysokości, jeżeli organ celny stwierdzi, że w zgłoszeniu celnym kwota podatku została wykazana nieprawidłowo (art. 33 ust. 2 ustawy o VAT).
3. b) Po przyjęciu zgłoszenia celnego, naczelnicy urzędów celno-skarbowych są organem do którego podatnicy występują o wydanie decyzji określającej podatek w prawidłowej wysokości (art. 33 ust. 3 ustawy o VAT).

2. Odnośnie stosowania uproszczenia z art. 33a ustawy o VAT, tj, rozliczania podatku z tytułu importu w deklaracji podatkowej:
3. a) Do naczelników urzędów celno-skarbowych, przed którym podatnik dokonuje formalności związanych z importem towarów, należy złożyć odpowiednie dokumenty warunkujące możliwość skorzystania z tego uproszczenia (art. 33a ust. 2 ustawy o VAT).
4. b) Podatnik jest obowiązany do pisemnego zawiadomienia naczelnika urzędu celno-skarbowego (oprócz naczelnika urzędu skarbowego) o zamiarze i rezygnacji z rozliczania podatku w procedurze z art. 33a.
5. c) Podatnik jest obowiązany do przedstawienia naczelnikowi urzędu celno-skarbowego dokumentów potwierdzających rozliczenie kwoty podatku należnego z tytułu importu towarów w deklaracji podatkowej (art. 33a ust. 6 ustawy o VAT).

      3.Odnośnie rozliczania podatku w deklaracji importowej, o której mowa w art. 33b ustawy o VAT: deklaracja importowa jest składana do naczelników urzędów celno-skarbowych.

Część dotychczasowych kompetencji naczelników urzędów celnych przejmują naczelnicy urzędów skarbowych:

1. Odnośnie podatku z tytułu importu towarów wykazywanego w zgłoszeniu celnym: naczelnicy urzędów skarbowych pobierają podatek z tytułu importu (art. 33a ust. 6 ustawy o VAT).

2. Odnośnie stosowania uproszczenia z art. 33a ustawy o VAT, tj, rozliczania podatku z tytułu importu w deklaracji podatkowej: w przypadku, gdy nie zostały spełnione warunki do skorzystania z tego uproszczenia, podatnik powinien zapłacić naczelnikowi urzędu skarbowego kwotę podatku wraz z odsetkami (art. 33a ust. 7 ustawy o VAT).

      3. Naczelnik urzędu skarbowego pobiera odsetki od niepobranej kwoty podatku należnego z tytułu importu towarów, która została określona w drodze decyzji (art. 37 ust. 1a ustawy o VAT).